El apellido Villabona es un apellido de origen español. Se cree que proviene de la localidad de Villabona, en el País Vasco. El significado del apellido es villa de buena calidad. Los descendientes de Villabona se encuentran principalmente en España, Colombia, Venezuela, México y Estados Unidos. El apellido Villabona es uno de los apellidos más antiguos de España, con una historia que se remonta a la Edad Media.
El primer Villabona en llegar a Colombia fue Francisco Villabona, quien nació en España en el año 1550. Tuvo dos hijos. Su profesión era la de comerciante.